적격합병 요건 중 지분의 연속성 요건 충족 여부

합병포합주식에 대하여 지분비율에 따라 합병교부주식을 교부한 것으로 보아 ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항의 요건을 판단함

[회신] ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항을 적용함에 있어“피합병법인의 주주등이 지급받은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 합병교부주식등의 가액의 총합계액”은 합병포합주식에 대하여 합병교부주식을 교부하지 않더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식을 교부한 것으로 보아 계산하고,“각 해당 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율”은 같은 법 시행령 제80조의2 제5항에 따른 지배주주등에게 적용되는 것으로, 합병 전 피합병법인의 포괄적 주식교환에 반대하는 주주가 ｢상법｣ 제360조의5에 따른 주식매수청구권을 행사하여 법원에 주식매수가액 결정을 청구하는 소송이 합병등기일 현재 진행 중인 상황에서 합병법인이 주식매수청구권을 행사하고 있는 지배주주에 해당하지 않는 주주의 주식(약 3%)과 지배주주에 해당하는 합병법인의 합병포합주식(약 97%)에 대하여 합병대가를 모두 지급하지 않는 경우에는 합병포합주식에 대한 합병교부주식이 지배주주에게 전부 교부된 것으로 보게 되므로, ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항에 따른 지분의 연속성 요건을 충족하는 것입니다. 1. 사실관계 ○ ㈜◇◇(이하‘질의법인’)는 약 88%의 지분을 소유하고 있는 자회사 ○○㈜(이하 ‘○○’)를 완전 자회사로 두기 위해 포괄적 주식교환계약을 체결하고, ’21. 8. 17. ○○와 주식을 교환함 - 포괄적 주식교환은 ｢상법｣ 제360조의3 제3항 제4호 의 규정에 따라 질의법인을 제외한 ○○의 주주는 소유주식을 질의법인에 이전하고, 질의법인은 그 대가로 주당 8,000원의 교부금을 지급함 ○ ○○의 일부 주주는 주식교환에 반대의사를 통지하고 ｢상법｣ 제360조의5 규정에 따라 소유주식을 ○○가 매수해 줄 것을 청구함 - ○○와 주식교환에 반대하는 주주 간 주식매수가액 협의가 이루어지지 않아 매수가액의 결정을 구하는 소송 * 이 진행되고 있음 * ’22. 12. 30. 질의법인이 ○○를 흡수합병에 따라 소송은 질의법인과 주식교환 반대주주 간에 진행 하고 있으며, 현재 ●●고등법원에 사건 계류 中 < ○○의 주주 현황 > (주, %) | 구 분 | 주식교환 전 | 주식교환 후(=합병등기일 현재) | | 주식 수 | 지분율 | 주식 수 | 지분율 | | 질의법인 | 19,322,441 | 88.14 | 21,192,963 1) | 96.67 | | 기타주주 | 2,599,546 | 11.86 | 729,024 2) | 3.33 | | 계 | 21,921,987 | 100.00 | 21,921,987 | 100.00 | 1) 합병등기일 전 2년 내에 취득한 주식 수 1,870,522주(8.53%) 포함 2) 주식교환 반대주주가 보유하는 주식 수 ○ 질의법인은 ’22. 12. 30. 약 97%의 지분을 소유한 상태에서 ○○를 흡수합병하였고, 질의법인의 합병포합주식과 주식교환에 반대한 주주의 주식에 대하여 모두 합병대가를 지급하지 않음 - 소송 결과에 따라 매수가액이 확정되는 경우 피합병법인의 지위를 승계한 질의법인이 주식교환에 반대한 주주로부터 ○○의 주권을 제출받고 현금을 지급한 후 제출받은 ○○의 주권은 폐기할 예정임 2. 질의내용 ○ 흡수합병 시 주식매수청구권을 행사한 주주가 소유하는 주식(지분율 약 3%)과 지배 주주에 해당하는 합병법인이 소유한 합병포합주식(지분율 약 97%)에 대하여 모두 합병대가를 지급하지 않은 경우 ｢법인세법｣ 시행령 제80조의2 제4항의 적격합병 요건(주식배정 요건)을 충족하는지 여부 3. 관련법령 ○ 법인세법 제44조 【합병 시 피합병법인에 대한 과세】 ② 제1항을 적용할 때 다음 각 호의 요건을 모두 갖춘 합병(이하 "적격합병"이라 한다)의 경우에는 제1항 제1호의 가액을 피합병법인의 합병등기일 현재의 순자산 장부가액으로 보아 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 다만, 대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우에는 제2호･제3호 또는 제4호의 요건을 갖추지 못한 경우에도 적격합병으로 보아 대통령령으로 정하는 바에 따라 양도손익이 없는 것으로 할 수 있다. 2. 피합병법인의 주주등이 합병으로 인하여 받은 합병대가의 총합계액 중 합병법인의 주식등의 가액이 100분의 80 이상이거나 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병 법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다)의 주식등의 가액이 100분의 80 이상인 경우로서 그 주식등이 대통령령으로 정하는 바에 따라 배정되고, 대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등이 합병등기일이 속하는 사업연도의 종료일까지 그 주식등을 보유할 것 ○ 법인세법 제16조 【배당금 또는 분배금의 의제】 ② 제1항 제5호 및 제6호, 제44조 및 제46조에서 합병대가와 분할대가는 다음 각 호의 금액을 말한다. 1. 합병대가: 합병법인으로부터 합병으로 인하여 취득하는 합병법인(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 포함한다)의 주식등의 가액과 금전 또는 그 밖의 재산가액의 합계액 ○ 법인세법 시행령 제80조 【합병에 따른 양도손익의 계산】 ① 법 제44조 제1항 제1호에 따른 양도가액은 다음 각 호의 금액으로 한다. 2. 제1호 외의 경우: 다음 각 목의 금액을 모두 더한 금액 가. 합병으로 인하여 피합병법인의 주주등이 지급받는 합병법인 또는 합병법인의 모회사(합병등기일 현재 합병법인의 발행주식총수 또는 출자총액을 소유하고 있는 내국법인을 말한다. 이하 같다)의 주식등(이하 "합병교부주식등"이라 한다)의 가액 및 금전이나 그 밖의 재산가액의 합계액. 다만, 합병법인이 합병등기일 전 취득한 피합병법인의 주식등(신설합병 또는 3 이상의 법인이 합병하는 경우 피합병법인이 취득한 다른 피합병법인의 주식등을 포함한다. 이하 "합병포합(抱合)주식등"이라 한다)이 있는 경우에는 그 합병포합주식등에 대하여 합병교부주식등을 교부하지 아니하더라도 그 지분비율에 따라 합병교부주식등을 교부한 것으로 보아 합병교부주식등의 가액을 계산한다. ○ 법인세법 시행령 제80조의2 【적격합병의 요건 등】 ① 법 제44조 제2항 각 호 외의 부분 단서에서 "대통령령으로 정하는 부득이한 사유가 있는 경우"란 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 경우를 말한다. 1. 법 제44조 제2항 제2호에 대한 부득이한 사유가 있는 것으로 보는 경우: 다음 각 목의 어느 하나에 해당하는 경우 가. 제5항에 따른 주주등(이하 이 조에서 "해당 주주등"이라 한다)이 합병으로 교부 받은 전체 주식등의 2분의 1 미만을 처분한 경우. 이 경우 해당 주주등이 합병 으로 교부받은 주식등을 서로 간에 처분하는 것은 해당 주주등이 그 주식등을 처분한 것으로 보지 않고, 해당 주주등이 합병법인 주식등을 처분하는 경우에는 합병법인이 선택한 주식등을 처분하는 것으로 본다. ④ 법 제44조 제2항 제2호에 따라 피합병법인의 주주등에 합병으로 인하여 받은 주식 등을 배정할 때에는 해당 주주등에 다음 계산식에 따른 가액 이상의 주식등을 각각 배정하여야 한다. | 피합병법인의 주주등이 지급받은 제80조 제1항 제2호 가목에 따른 합병교부주식등의 가액의 총합계액 × 각 해당 주주등의 피합병법인에 대한 지분비율 | ⑤ 법 제44조 제2항 제2호에서 "대통령령으로 정하는 피합병법인의 주주등"이란 피합병법인의 제43조 제3항에 따른 지배주주등 중 다음 각 호의 어느 하나에 해당하는 자를 제외한 주주등을 말한다. 1. 제43조 제8항 제1호 가목의 친족 중 4촌인 혈족 2. 합병등기일 현재 피합병법인에 대한 지분비율이 100분의 1 미만이면서 시가로 평가한 그 지분가액이 10억원 미만인 자 3. 기업인수목적회사와 합병하는 피합병법인의 지배주주등인 자 4. 피합병법인인 기업인수목적회사의 지배주주등인 자 ○ 법인세법 시행령 제43조 【상여금 등의 손금불산입】 ③ 법인이 지배주주등(특수관계에 있는 자를 포함한다. 이하 이 항에서 같다)인 임원 또는 직원에게 정당한 사유없이 동일직위에 있는 지배주주등 외의 임원 또는 직원 에게 지급하는 금액을 초과하여 보수를 지급한 경우 그 초과금액은 이를 손금에 산입하지 아니한다. ⑦ 제3항에서 "지배주주등"이란 법인의 발행주식총수 또는 출자총액의 100분의 1 이상의 주식 또는 출자지분을 소유한 주주등으로서 그와 특수관계에 있는 자와의 소유 주식 또는 출자지분의 합계가 해당 법인의 주주등 중 가장 많은 경우의 해당 주주등 (이하 "지배주주등"이라 한다)을 말한다. ○ 상법 제360조의2 【주식의 포괄적 교환에 의한 완전모회사의 설립】 ① 회사는 이 관의 규정에 의한 주식의 포괄적 교환에 의하여 다른 회사의 발행주식의 총수를 소유하는 회사(이하 "완전모회사"라 한다)가 될 수 있다. 이 경우 그 다른 회사를 "완전자회사"라 한다. ② 주식의 포괄적 교환(이하 이 관에서 "주식교환"이라 한다)에 의하여 완전자회사가 되는 회사의 주주가 가지는 그 회사의 주식은 주식을 교환하는 날에 주식교환에 의 하여 완전모회사가 되는 회사에 이전하고, 그 완전자회사가 되는 회사의 주주는 그 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 발행하는 신주의 배정을 받거나 그 회사 자기주식의 이전을 받음으로써 그 회사의 주주가 된다. ○ 상법 제360조의3 【주식교환계약서의 작성과 주주총회의 승인 및 주식교환대가가 모회사 주식인 경우의 특칙】 ① 주식교환을 하고자 하는 회사는 주식교환계약서를 작성하여 주주총회의 승인을 얻어야 한다. ③ 주식교환계약서에는 다음 각 호의 사항을 적어야 한다. 2. 완전모회사가 되는 회사가 주식교환을 위하여 신주를 발행하거나 자기주식을 이전 하는 경우에는 발행하는 신주 또는 이전하는 자기주식의 총수ㆍ종류, 종류별 주식의 수 및 완전자회사가 되는 회사의 주주에 대한 신주의 배정 또는 자기주식의 이전에 관한 사항 4. 완전자회사가 되는 회사의 주주에게 제2호에도 불구하고 그 대가의 전부 또는 일부 로서 금전이나 그 밖의 재산을 제공하는 경우에는 그 내용 및 배정에 관한 사항 ○ 상법 제360조의5 【반대주주의 주식매수청구권】 ① 제360조의3 제1항의 규정에 의한 승인사항에 관하여 이사회의 결의가 있는 때에 그 결의에 반대하는 주주(의결권이 없거나 제한되는 주주를 포함한다. 이하 이 조 에서 같다)는 주주총회 전에 회사에 대하여 서면으로 그 결의에 반대하는 의사를 통지한 경우에는 그 총회의 결의일부터 20일 이내에 주식의 종류와 수를 기재한 서면으로 회사에 대하여 자기가 소유하고 있는 주식의 매수를 청구할 수 있다. ③ 제1항 및 제2항의 매수청구에 관하여는 제374조의2 제2항 내지 제5항의 규정을 준용한다. ○ 상법 제374조의2 【반대주주의 주식매수청구권】 ② 제1항의 청구를 받으면 해당 회사는 같은 항의 매수 청구 기간(이하 이 조에서 "매수청구기간"이라 한다)이 종료하는 날부터 2개월 이내에 그 주식을 매수하여야 한다. ④ 매수청구기간이 종료하는 날부터 30일 이내에 제3항의 규정에 의한 협의가 이루어지지 아니한 경우에는 회사 또는 주식의 매수를 청구한 주주는 법원에 대하여 매수가액의 결정을 청구할 수 있다.